Bis heute gilt der Fanladen St. Pauli, schon aufgrund seiner Entstehungsgeschichte aus der St.-Pauli-Fanszene heraus, als Geburtsort und Vorbild der alternativen Fanbewegung. Entsprechend stark ist das Fanprojekt in der Fanszene des Vereins verankert und weit über Hamburg hinaus anerkannt. Auch wenn der Fanladen seine Tätigkeit unabhängig vom FC St. Pauli und dessen Strukturen verrichtet, darf die Wirkung im Verein und seinem Umfeld nicht unterschätzt werden. Eine möglichst enge Kooperation mit den relevanten Fangruppen und Vereinsvertretern bildet einen Hauptbestandteil sämtlicher Aktivitäten und unterstützt so die bereits seit vielen Jahren erfolgreiche Arbeit.

Die Mitarbeiter/innen des Fanladens St. Pauli verstehen sich im Rahmen ihrer Tätigkeit als kritisch-parteiliche Vertreter- und Beobachter/innen der Fanszene und sind dabei im Wesentlichen auf drei Ebenen tätig:

Zum einen in der direkten sozialpädagogischen Arbeit mit den Fußballfans nach den Prinzipien der aufsuchenden Jugendsozialarbeit. Dazu gehören Einzelfallhilfe und Begleitung der Fans im Rahmen von Heim- und Auswärtsspielen, interessensspezifische Aktivitäten gemeinsam mit den Fans sowie die Bereitstellung eines Treffpunkts in den Räumlichkeiten des Fanladens.

Wesentliche Schwerpunkte in diesem Zusammenhang bilden die Angebote für Fans unter 18 (d. h. Aktivitäten ohne Alkohol und Nikotin), die Mädchen- und Frauenarbeit, die Organisation von Fanklubturnieren sowie interessensspezifische politische Bildungsarbeit, Antidiskriminierungsarbeit und nicht zuletzt die Vernetzung von Fangruppen aus ganz Europa, etwa im Rahmen von internationalen Begegnungsreisen z. B. nach Belgien, Frankreich, Italien, Holland, Schweden, Tschechien und Israel oder durch die Organisation eines antirassistischen Einladungsturniers mit Teams aus mehr als 15 europäischen Ländern und Israel.

Zum anderen betreiben die Mitarbeiter/innen des Fanladens St. Pauli in kritischer Anwaltschaft für die jugendlichen Fußballanhänger/innen Beratungs-, Vermittlungs- und Lobbyarbeit in den entsprechenden Institutionen, insbesondere im Verein, gegenüber den lokalen Sicherheitsorganen, den Medien sowie den städtischen Behörden.

Da der FC St. Pauli einer der wenigen verbliebenen großen Stadtteilvereine in Deutschland ist und sich seine Fanszene vielfach aus Bewohner/innen des Viertels konstituiert, versteht der Fanladen auch integrative und stadtteilorientierte Gemeinwesenarbeit auf St. Pauli als bedeutenden Teil seines Aktionsrahmens, die projektbezogen mit dem Integrationspreis 2006 der Stadt Hamburg ausgezeichnet wurde. In diesem Jahr feiert das im Stadtteil fest verankerte Fußballangebot „KiezKick – Fußball der Kulturen“ das zehnte Jahr seines Bestehens.

Weiterhin engagieren sich die Mitarbeiter/innen auf lokaler, überregionaler und europäischer Ebene in verschiedenen Netzwerken, Gremien und Arbeitskreisen (z. B. Football against Racism in Europe FARE, BAG-Fanprojekte, F_in Netzwerk Frauen im Fußball, BAFF usw.). Träger beider Fanprojekte, des St. Pauli Fanladens wie des HSV-Fanprojekts, ist der Hamburger Verein Jugend und Sport e. V. – von Beginn an unter der fachkundigen Leitung von Dieter Bänisch als Geschäftsführer.